Obwohl ein Großteil der Maya Honduras verließ, lebten hier dennoch einige Nachfahren dieses Volkes, bevor das Land durch Konquistadorinnen und Konquistadoren erobert wurde.

Unter dem Begriff Konquistadorin bzw. Konquistador werden spanische und portugiesische Seefahrende bezeichnet, die im 16. Jahrhundert Gebiete in Zentral- und Südamerika für sich beanspruchten. Der Bekannteste von ihnen ist Christopher Kolumbus.

Im Jahr 1502 gelangte Christopher Kolumbus zum ersten Mal nach Honduras und legte an der Karibikküste an. Daher kommt auch der Name des Landes, das Kolumbus nach der tiefen Karibik taufte. Von Honduras aus zog Kolumbus weiter und beanspruchte weitere Gebiete in Amerika für sich. In diesem Zuge wird auch von der „Entdeckung Amerikas“ oder „Eroberung Amerikas“ gesprochen.

Inspiriert durch Kolumbus zog es weitere Abenteuersuchende nach Zentralamerika, wie der spanische Abenteurer Christóbal de Olid. Im Auftrag eines der berühmtesten Konquistadoren, Hernán Cortés, eroberte er nach zahlreichen Widerständen schließlich Honduras und machte es 1525 zu einer spanischen Kolonie.