Aufgrund seiner Lage im Herzen der Tropen verfügt Honduras über eine außergewöhnlich reiche biologische Vielfalt. In seinen üppigen Regen- und Nebelwäldern, Mangrovensümpfen, Savannen, an seinen Bergketten und Meeresküsten leben viele Säugetier-, etwa 250 Reptilien- und Amphibien- sowie über 700 Vogelarten.

Beispiele sind Bären, Hirsche, Affen, Wölfe und Kojoten. Außerdem findet man auch Raubkatzen wie Jaguars, Pumas, Ozelots und Luchse. Besonders farbenfroh sind die Tukane und der Hellrote Ara, der der Nationalvogel des Landes ist.

Der Regenwald von La Mosquitia im Nordosten des Landes gilt als einer der unberührtesten Flecken Zentralamerikas. In dem dichten Dschungel, den Savannen und Feuchtgebieten sind Seekühe, Jaguare und Tapire beheimatet. In diesem Gebiet leben auch noch einige indigene Völker.

Vor der Küste lassen sich im Karibischen Meer zum Beispiel Große Tümmler, Mantarochen und Papageifische beobachten. Blaue Doktorfische durchziehen in Schwärmen das Wasser. Muränen und Wasserschildkröten wie die Bastardschildkröte sowie Walhaie sind weitere Meeresbewohner.

Die Flora Honduras zeugt von einer immensen Vielfalt; alleine Orchideen gibt es 630 verschiedene Arten.